«Брайтон» основан в 1901 году посетителями одного из пабов Брайтона. В 1920 году клуб отобрался в Третий дивизион английской лиги, в котором и провел большую часть своей истории. В элитных дивизионах «Брайтон» почти не играл: в 1979 году клуб вышел в Первый дивизион, где продержался до 1983 года.
После вылета из Первого дивизиона в 1983 году началось падение: за 14 следующих лет «чайки» опустились до предпоследнего места Четвертого дивизиона, где спаслись от вылета только опередив по дополнительным показателям «Херефорд Юнайтед» в последнем туре. В сезоне 1997/98 «Брайтон» снова занял предпоследнее место, после чего начал медленное восхождение в высший дивизион.
Новейшая история «Брайтона» связана с Тони Блумом – уроженцем Брайтона и профессиональным игроков в покер. В 2009 году он выкупил 75% акций клуба, тогда идущего в Третьем дивизионе, вложил деньги в строительство стадиона «Фалмер» и начал укреплять позиции команды. В 2011 году, благодаря руководству Блума, «Брайтон» вернулся в Премьер-лигу спустя 28 лет после вылета.